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在不断变化的疫情形势下改善COVID监测

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wjunxi 发表于 2022-1-10 16:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
  Matthew Hardison博士切身体会到了病毒迅速变异带来的损失。2021年8月,他和他的护士妻子以及3个年幼的孩子患上了COVID-19——具体而言,是感染了德尔塔变异株。Hardison博士和他的妻子完成了疫苗接种,但德尔塔变异株特别可怕。


  “德尔塔变异株的传播及其对新冠疫情的影响再怎么强调都不为过,”Hardison说,他是Aegis Sciences Corporation实验室运行高级副总裁。他的实验室位于田纳西州纳什维尔,该实验室负责追踪全美国的阳性病例和新出现的病毒株。“短短几周内,我们看到阳性率从7月的低于2%增加到超过16%,精准医疗由于这一新的极为强大的变异株不受抑制的传播,我们的样本量增加了5倍。”


  在他的家庭感染德尔塔变异株康复后几天,Mu变异株被命名。所以新冠病毒不断出现变异株。


  随着病毒的传播实验室工作量不断增加


  2020年春天,Aegis Sciences Corporation主要是一家毒理学公司,有一个小型分子实验室,有6名员工。分子团队主要为小型制药公司和消费者健康管理公司提供服务。Aegis可以进行桑格测序和新一代测序,使用包含10个和20个基因的panel,每年处理几百个样本。值得注意的是,Aegis也开发了药物遗传学药物panel和多个新型精神药物panel。


  “疫情爆发时,我们具有独特的优势,我们已经在应对正在发生的阿片类药物流行。因此,我们把监测冠状病毒视为我们的责任,继续扩展我们的能力。这项工作并不总是能得到医疗保险或私人保险公司的足够报销,但检测是非常关键一步。”


  Hardison博士的团队开始专注于纳什维尔当地社区和田纳西州。他们的首批样本来自COVID-19集中爆发地区的监狱及周边地区。


  在美国国立卫生研究院(NIH)和美国卫生与公众服务部(HHS)的诊断加速(RADx)计划的支持下,Aegis在约4个月的时间将其检测通量从每天约1.5万个样本扩大到每天约11万个样本。


  基于这一成功,Aegis与Walgreens在2020年秋建立了合作关系,联合建立全国监测网络(现在他们可以在全部50个州和波多黎各的超过4000个Walgreens药店进行检测)。除了Walgreens,Aegis还可以为数千家长期护理机构、急症中心和各州的卫生部门提供服务。


  Aegis Sciences Corporation|图片来源:Abigail Bobo


  在2020/2021年冬季爆发后,他们提高了对其他国家开始发现的新出现的SARS-CoV-2变异株的关注。2021年4月,Aegis开始与美国疾控中心(CDC)合作,提供了多达48万条序列。“我们刚开始拥有一台Illumina MiSeq™,后来又购买了2套NovaSeq™6000平台,我们从那时起就一直忙个不停。”他们在不到6周的时间内安装了仪器,并验证并启动了Illumina COVIDSeq™检测。

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