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基因家族分析流程及保姆级实操流程

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jjq4123 发表于 2022-6-17 15:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
  基因分析简述及保姆级实操流程
  最近很长时间没有更新推文了,其实是懒惰了。今天刚好得空,就花点时间写一下我关于基因家族分析的一点粗浅理解,并整理全部的实操流程。其实刚开始写的一些推文都很用心,也很优质,我自己也会经常返回去再看,然后再修改再完善,就像这一篇。所以还请大家见谅无规律的修订后发布之前发过的内容。毕竟以前写过的东西有些现在用的时候还是会再去回忆和完善。
  前言——关于基因家族分析的观点
  学术圈的各种歧视链其实也蛮明显的,搞机理的大都觉得基因家族分析类文章都是水文,很多情况下都很鄙视基因家族类文章。但实际上没有谁的履历上全是基因家族分析类文章,基因家族分析类文章只是某个阶段的中间产物。随着生物信息学的发展,其实会发现很多高水平论文的前期数据支持都来自生物信息学分析,而基因家族分析是生物信息学的一部分,因此,不管搞不搞生物信息学,多多少少会一点基因家族分析的工作,会大有裨益。
  而我决定开始涉猎一些基因家族分析类的文章的原因也很简单,研究生阶段刚开始,我就在想一个问题,看到大家都在做这个基因,那个基因,我就想知道,最初是怎么确定某个基因的,这些基因的具体信息怎么获取。后来我知道确定某几个值得进一步研究的基因需要考虑的方面很多,需要结合大课题组的研究方向。这个当还不在我所考虑范围之内。但有一点是明确,那就是假设已知某类基因(比如Hsp20基因家族),如何从全基因组进行家族成员的鉴定和分析。亦或者如果拟南芥中有些基因做的很好,类似的我们想找自己所研究物种中该类基因的同源基因的功能。
  我现在的态度是:关于基因家族的分析,生物大类相关方向的研究生都应该掌握,尤其研究生新生。但不能天马行空,而是应该紧密联系所在课题组的大方向。因为在进行基因家族分析的过程中,会涉及到很多的生物学概念、分子生物学基础原理以及基因组相关的知识点,而在实际分析和操作过程中,可以较为深入的理解其中蕴含的分子生物学知识。同时,在学习生物信息学的过程中,多少可以初步掌握一些数据分析和绘图制表的基础。简单总结:通过基因家族分析可以收获哪些?
  通过实操理解一些分子生物学实验的原理和基因组概念
  掌握一定的数据处理基础
  掌握基本的绘图制表方法
  尽可能的学一些程序语言
  结合大方向,最好能把分析的结果汇总起来简单发一篇SCI,作为小试,积累点文章写作的经历和经验
  基因家族分析过程中学到的内容,即使没有条件单独发表文章,也一定会在将来的课题中起到很好的辅助作用
  提高严谨性和高要求(通常在学习基因家族分析的过程中会涉及到很多细节性的问题。而在解决这些问题的过程中会逐渐提高学术严谨性和高标准)
  总之,我认为基因家族分析对于研究生来说是有必要专门花点时间走一遍流程的。

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